MadridBarcelonainfo@velardevidal.com
Firma Legal & Tax
España · desde 2023
V&V Velarde & VidalLegal & Tax
InicioAnálisisFiscal
Inicio · Recursos · Preguntas · Preguntas frecuentes sobre comprobaciones de la AEAT
Fiscal y tributario

Preguntas frecuentes sobre comprobaciones de la AEAT

Por Joaquín Sandoval, Socio — Fiscal y precios de transferenciaActualizado: 2032-02-10

Las comprobaciones de la Agencia Estatal de Administración Tributaria (AEAT) representan uno de los momentos de mayor exposición fiscal para cualquier empresa. Cuando llega una notificación de inicio de actuaciones, el margen de reacción es estrecho y el coste de una respuesta desorganizada puede ser significativo. Conocer de antemano el marco aplicable, los plazos que rigen el procedimiento y los errores que amplifican el riesgo es, en nuestra experiencia, la diferencia entre resolver el expediente con normalidad o afrontar una liquidación con recargo.

En breve: Una comprobación de la AEAT puede adoptar diversas formas – desde una solicitud de información hasta un procedimiento inspector completo – y en todas ellas el régimen aplicable y la documentación previa determinan la factura fiscal final. La normativa tributaria fija plazos, derechos y garantías procesales que la empresa debe conocer antes de que el expediente se abra, no después.

¿Qué es una comprobación de la AEAT y qué formas puede adoptar?

La AEAT dispone de un abanico de instrumentos de verificación y control que van de menor a mayor intensidad. No todas las comprobaciones son iguales, y confundirlas puede generar respuestas desproporcionadas o, al contrario, respuestas insuficientes que agravan la situación.

En el extremo menos invasivo se sitúan los requerimientos de información: la administración solicita documentos o aclaraciones sobre una declaración presentada. El requerimiento no implica, por sí solo, que exista una irregularidad. En nuestra práctica hemos observado que muchas empresas los interpretan como una señal de alarma cuando, en la mayoría de los casos, se trata de cruces automáticos de datos.

Un escalón por encima se encuentran los procedimientos de gestión tributaria: la comprobación limitada y la verificación de datos. En estos procedimientos, la AEAT contrasta la declaración presentada con la información que obra en su poder. Sus facultades son más restringidas que las del procedimiento inspector, pero el resultado puede ser igualmente una liquidación provisional con intereses de demora.

El nivel de mayor intensidad es el procedimiento de inspección. En él, los actuarios de la Inspección de Hacienda pueden revisar la totalidad de la situación tributaria del obligado o circunscribirse a uno o varios conceptos concretos. Este procedimiento puede dar lugar a actas de conformidad, de disconformidad o, en los supuestos de mayor gravedad, al inicio de expediente sancionador.

Distinguir en qué procedimiento se encuentra la empresa en cada momento no es una cuestión menor. Las facultades de la AEAT, los plazos de resolución, los documentos que cabe aportar y la estrategia de respuesta difieren sustancialmente según la modalidad. ¿Sabe su empresa identificar, desde la primera notificación, qué tipo de actuación tiene enfrente?

¿Qué exige la normativa tributaria a la empresa durante una comprobación?

La Ley General Tributaria articula un sistema de derechos y obligaciones para el obligado tributario que resulta fundamental comprender antes de que se produzca cualquier actuación. Las obligaciones de colaboración con la AEAT son amplias: facilitar documentación, comparecer en las oficinas indicadas y contestar requerimientos en los plazos señalados.

Al mismo tiempo, la normativa tributaria reconoce a la empresa un conjunto de derechos que, en nuestra experiencia asesorando a empresas en España, no siempre se ejercen con la diligencia necesaria. El derecho a conocer la identidad de los actuarios, a obtener certificación de las actuaciones realizadas, a que las actuaciones se desarrollen con la menor onerosidad posible y a la confidencialidad de los datos aportados son garantías exigibles desde el primer día.

Un aspecto que genera confusión frecuente es el relativo a la prescripción tributaria. Con carácter general, la prescripción del derecho de la administración a determinar la deuda tributaria es de cuatro años, plazo que comienza a contarse desde el día siguiente al de finalización del plazo voluntario de presentación de la declaración. Sin embargo, este plazo se interrumpe con cualquier actuación de la AEAT notificada al obligado, lo que en la práctica extiende el horizonte temporal del control. Conviene verificar con la normativa vigente los supuestos específicos de interrupción y cómputo.

En materia de documentación, la empresa debe mantener sus registros contables y fiscales durante todo el período no prescrito. La destrucción anticipada o la falta de organización de la información puede interpretarse negativamente en el expediente y dificultar la defensa de las posiciones declaradas.

¿Cuáles son los procedimientos de comprobación que más afectan al Impuesto sobre Sociedades?

El Impuesto sobre Sociedades (IS) es, con diferencia, el tributo que concentra mayor atención inspectora en el segmento de empresa mediana y grande. La razón es estructural: las bases imponibles del IS incorporan ajustes extracontables, deducciones, correcciones por operaciones vinculadas y, en grupos empresariales, eliminaciones de resultados internos. Cada uno de estos elementos es un foco potencial de discrepancia con el criterio de la AEAT.

Los ámbitos más frecuentes en los expedientes de inspección que hemos acompañado incluyen la deducibilidad de gastos, la valoración de operaciones entre partes vinculadas, la aplicación de deducciones por I+D+i y la tributación de operaciones de reestructuración acogidas al régimen fiscal especial.

El tipo general del IS es del 25 %, aunque las entidades de nueva creación tributan al 15 % en el primer período impositivo con base positiva y en el siguiente. Estos tipos son relevantes porque determinan el impacto económico de cualquier regularización. Una corrección de base imponible en el IS se traduce directamente en una deuda tributaria que incluye el impuesto minorado, los intereses de demora correspondientes al período no prescrito y, en su caso, la sanción aplicable.

En el ámbito de los precios de transferencia, la AEAT ha intensificado sus actuaciones. Las operaciones entre entidades del mismo grupo deben valorarse a precio de mercado. La documentación que debe elaborarse y mantenerse a disposición de la administración – el expediente de precios de transferencia – es un requisito que muchas empresas medianas no tienen completamente desarrollado, lo que genera exposición en caso de comprobación.

La fiscalidad internacional añade otra capa de complejidad. Las operaciones transfronterizas, las estructuras de financiación intragrupo y los establecimientos permanentes en el extranjero son objeto de escrutinio creciente. En estos supuestos, coordinamos con abogados locales de confianza en la jurisdicción correspondiente para ofrecer una visión integrada del riesgo global.

¿Qué plazos y costes conlleva comprobaciones de la AEAT?

El procedimiento inspector tiene un plazo máximo de duración fijado por la legislación tributaria. Superado ese plazo sin notificación del acto de liquidación, se producen consecuencias relevantes sobre la prescripción y los recargos que conviene conocer. La normativa establece que las actuaciones inspectoras deben concluir dentro del plazo legalmente previsto, con las prórrogas que en su caso procedan, y que el incumplimiento puede afectar al cómputo de intereses. Conviene verificar con la normativa vigente el plazo exacto aplicable a cada procedimiento, ya que la legislación ha sido objeto de modificaciones recientes.

Los costes derivados de una comprobación son de naturaleza múltiple. En primer lugar, existe el coste de la deuda regularizada: si la AEAT considera que se ha tributado menos de lo correcto, exigirá la diferencia con intereses de demora. En segundo lugar, si la conducta se considera infractora, puede imponerse una sanción. En tercer lugar, y con frecuencia infravalorado, existe el coste operativo interno: el tiempo de los directivos y del equipo financiero dedicado al expediente puede ser considerable durante meses.

Un expediente mal gestionado puede acumular estos tres costes simultáneamente. Una planificación previa – antes de que la comprobación se inicie – permite reducir los dos primeros y, en muchos casos, eliminar el tercero. Hemos asistido a empresas y directivos en inspecciones, reestructuraciones y planificación fiscal internacional, y la variable que más influye en el resultado final es siempre la calidad de la documentación preexistente.

¿Cuánto cuesta, en tiempo y recursos, reconstruir en semanas una documentación que debería haberse construido en meses o años? La respuesta es invariablemente: más de lo previsto.

¿Qué riesgos hay que evitar en comprobaciones de la AEAT?

La creencia de que la planificación fiscal solo importa cuando llega la inspección es uno de los errores más costosos que observamos en la práctica. Cuando la AEAT notifica el inicio de actuaciones, el margen para corregir la situación fiscal se reduce de forma drástica. Las declaraciones ya presentadas, los documentos que no se conservaron y las valoraciones que no se respaldaron documentalmente son hechos consumados que el expediente tendrá que gestionar.

Los principales riesgos que hemos identificado en nuestro trabajo con empresas son los siguientes:

  • Falta de documentación de operaciones vinculadas: la ausencia del expediente de precios de transferencia impide acreditar que las operaciones se realizaron a valor de mercado, lo que facilita la regularización por parte de la AEAT.
  • Gastos no justificados o con afectación mixta: la deducibilidad de determinados gastos en el IS requiere que estén vinculados a la actividad y debidamente acreditados. Sin soporte documental adecuado, la AEAT puede rechazarlos.
  • Incumplimiento de obligaciones formales: la presentación fuera de plazo de declaraciones informativas o la omisión de declaraciones de operaciones con terceros puede generar sanciones formales independientes del resultado de fondo.
  • Respuestas precipitadas a requerimientos: contestar un requerimiento sin analizar sus implicaciones puede crear precedentes documentales que compliquen el expediente en fases posteriores.
  • Ignorar el régimen de impatriados: las empresas que contratan directivos internacionales y no gestionan correctamente el acceso al régimen de impatriados – conocido como régimen Beckham – pueden incurrir en retenciones insuficientes que la AEAT regularizará sobre la empresa pagadora. El tipo aplicable en este régimen es del 24 % sobre la base hasta 600.000 euros, con tipos superiores sobre el exceso, y el acceso requiere que el trabajador no haya sido residente en España en los cinco años anteriores al desplazamiento.

En todos estos supuestos, la detección temprana del riesgo permite adoptar medidas preventivas. En algunos casos, la regularización voluntaria antes de que la AEAT actúe reduce o elimina la sanción aplicable. Conviene verificar con la normativa vigente los requisitos del procedimiento de regularización espontánea.

¿Cómo se gestionan las actuaciones de la AEAT en el ámbito de la fiscalidad internacional?

La fiscalidad internacional plantea comprobaciones de especial complejidad. Las empresas con operaciones transfronterizas, filiales en el extranjero o directivos desplazados están expuestas a un doble frente: el control de la AEAT sobre la tributación en España y, eventualmente, la posición de administraciones tributarias extranjeras sobre las mismas transacciones.

En el ámbito de los precios de transferencia, las operaciones intragrupo – financiación, servicios, cesión de intangibles – deben estar respaldadas por documentación que acredite su valoración a precio de mercado. La AEAT utiliza herramientas de análisis comparativo para cuestionar esas valoraciones. La ausencia de documentación adecuada invierte, en la práctica, la carga de la prueba sobre el obligado.

El intercambio automático de información fiscal entre administraciones tributarias de la Unión Europea y de jurisdicciones adheridas a los estándares de la OCDE ha dotado a la AEAT de datos que hace una década no estaban a su disposición. Cuentas bancarias en el exterior, estructuras societarias foráneas y rendimientos obtenidos en otras jurisdicciones son hoy accesibles para la administración española con mayor facilidad que antes.

En operaciones de inversión extranjera, las empresas no residentes que obtienen rentas de fuente española están sujetas a obligaciones tributarias específicas. La correcta configuración de la estructura de inversión desde el inicio – antes de la adquisición o de la implantación – determina la carga fiscal total y previene comprobaciones futuras sobre la tributación de las rentas obtenidas.

Puede resultar de interés, en este contexto, consultar nuestro análisis sobre el impacto fiscal en el exit de inversores, donde abordamos las implicaciones tributarias en operaciones de desinversión con componente internacional.

¿Qué papel juega el asesoramiento fiscal en la fase previa a una comprobación?

En nuestra experiencia, las empresas que afrontan una comprobación de la AEAT en mejores condiciones son aquellas que han integrado el asesoramiento fiscal en su gestión ordinaria, no solo en el momento en que llega la notificación. Esta afirmación no es una apreciación retórica: tiene consecuencias directas y cuantificables.

La documentación previa es el activo más valioso en un expediente. Una política de precios de transferencia documentada, un registro de los criterios aplicados en la deducibilidad de gastos y un historial de consultas tributarias planteadas ante la administración construyen un perfil de cumplimiento que la AEAT valora. No elimina el riesgo de comprobación – cualquier empresa puede ser objeto de actuaciones – pero mejora sustancialmente el resultado cuando estas se producen.

El régimen aplicable y la documentación previa determinan la factura fiscal y la exposición ante la AEAT. Esta es la proposición central que cualquier director financiero o consejero delegado debe interiorizar. Invertir en asesoramiento preventivo no es un gasto: es una reducción de riesgo cuantificable.

La coordinación entre el área fiscal, el área societaria y, cuando existe, la asesoría jurídica interna de la empresa es otro factor que marca la diferencia. Las comprobaciones de mayor impacto combinan regularmente aspectos tributarios con implicaciones mercantiles: valoraciones de activos, distribuciones de dividendos, operaciones de financiación vinculada. Para ello, la práctica fiscal de Velarde & Vidal trabaja en coordinación con el área de Derecho societario y operaciones, de modo que el análisis integre todas las dimensiones relevantes del expediente.

Puede ampliar la perspectiva sobre la tributación de las retribuciones en nuestra guía sobre cómo tributa la retribución del administrador, un aspecto frecuentemente revisado en los expedientes de inspección a empresas con socios activos.

¿Qué hacer cuando la AEAT notifica el inicio de actuaciones?

La primera reacción ante una notificación de inicio de actuaciones es determinante. Los errores cometidos en los primeros días del expediente son difíciles de corregir después. A continuación, enumeramos los pasos esenciales que en nuestra práctica recomendamos a las empresas en esa situación inicial.

  1. Identificar el tipo de procedimiento: como se ha explicado, el alcance de las facultades de la AEAT y la estrategia de respuesta difieren según se trate de una comprobación limitada, una verificación de datos o un procedimiento inspector. El primer análisis debe determinar esto con precisión.
  2. Revisar la documentación disponible: antes de contestar ningún requerimiento, la empresa debe recopilar y revisar toda la documentación que puede ser relevante – declaraciones presentadas, libros contables, contratos, justificantes de gastos, correspondencia con proveedores y clientes vinculados.
  3. Analizar los períodos y conceptos afectados: la notificación indica el alcance de las actuaciones. Delimitar con precisión qué ejercicios y qué conceptos tributarios están bajo examen permite enfocar el esfuerzo y anticipar posibles regularizaciones.
  4. No improvisar las contestaciones: cada escrito que la empresa presenta al expediente es un documento que quedará incorporado al mismo. Una respuesta incompleta o imprecisa puede perjudicar la posición de la empresa en fases posteriores.
  5. Evaluar la posibilidad de regularización voluntaria: en algunos supuestos, la regularización espontánea antes de que la AEAT determine la deuda puede reducir o eliminar la sanción. Esta evaluación debe hacerse con rapidez, dado que la ventana temporal es limitada.
  6. Designar un interlocutor único con la AEAT: la proliferación de interlocutores genera inconsistencias documentales y mensajes contradictorios. La comunicación con la administración debe centralizarse en quien conozca en profundidad el expediente.

Estos pasos no sustituyen al asesoramiento específico para el caso concreto, pero orientan la reacción inicial y evitan los errores más frecuentes que, en nuestra experiencia, agravan innecesariamente el expediente.

¿Cuándo conviene contar con asesoramiento en comprobaciones de la AEAT?

La respuesta directa a esta pregunta es: antes de que la comprobación comience. Sin embargo, somos conscientes de que no siempre es posible anticipar cuándo llegará la notificación. En ese caso, el asesoramiento debe activarse en el momento mismo en que la empresa recibe la primera comunicación de la AEAT.

Existen situaciones que deberían activar una revisión fiscal preventiva antes de que la AEAT actúe. Entre ellas, las más frecuentes en nuestra práctica son las siguientes:

  • La empresa ha realizado operaciones de reestructuración – fusión, escisión, aportación de rama de actividad – sin haber comprobado la correcta aplicación del régimen fiscal especial.
  • Existen operaciones vinculadas relevantes sin documentación adecuada de precios de transferencia.
  • La empresa ha aplicado deducciones significativas en el IS – por I+D+i, por doble imposición internacional – sin haber revisado los requisitos formales y materiales de cada una.
  • Se han producido cambios en la estructura societaria o en la residencia fiscal de socios relevantes sin una planificación tributaria integrada.
  • La empresa ha contratado directivos internacionales y no ha verificado la correcta aplicación del régimen de impatriados desde el inicio del desplazamiento, recordando que este régimen está condicionado al cumplimiento de requisitos formales en un plazo determinado desde el inicio de la actividad en España.
  • La empresa opera en varias jurisdicciones y no ha revisado el tratamiento fiscal de los flujos de renta entre las distintas entidades del grupo.

Cualquiera de estos supuestos justifica una revisión preventiva. El coste de esa revisión es, en todos los casos que hemos analizado, inferior al coste de gestionar la regularización una vez que la AEAT ha iniciado el expediente.

Si su empresa se encuentra en alguna de estas situaciones, o si ha recibido ya una notificación de inicio de actuaciones, le invitamos a plantearnos su caso. Nuestro equipo de práctica fiscal puede realizar una primera valoración de la exposición y orientar la estrategia de respuesta más adecuada. Para ello, puede escribirnos a info@velardevidal.com.

Aspectos específicos de la comprobación en empresas con actividad internacional

Las empresas que operan en más de una jurisdicción afrontan comprobaciones de la AEAT con una complejidad adicional que las empresas puramente domésticas no tienen. Los flujos transfronterizos – dividendos, intereses, cánones, prestaciones de servicios intragrupo – son objeto de escrutinio específico, porque en ellos confluyen la normativa interna, los convenios para evitar la doble imposición y la legislación de la Unión Europea.

La correcta aplicación de un convenio de doble imposición requiere acreditar la residencia fiscal del perceptor en el otro Estado y el cumplimiento de los requisitos sustantivos que el propio convenio exige. La AEAT ha desarrollado criterios exigentes en la verificación de estas condiciones, especialmente tras la incorporación de las medidas antiabuso derivadas de los estándares internacionales en materia de erosión de bases imponibles y traslado de beneficios.

En el ámbito de los precios de transferencia, las empresas con actividad internacional deben contar con la documentación exigida por la normativa: el archivo maestro y el archivo local, cuando superan los umbrales relevantes. Esta documentación debe estar disponible y actualizada en el momento en que la AEAT la solicite. Su elaboración a posteriori, bajo la presión del expediente, es significativamente más costosa e ineficaz.

Hemos asistido a empresas y directivos en inspecciones, reestructuraciones y planificación fiscal internacional, y en todos estos supuestos el factor diferencial ha sido la existencia de documentación estructurada previamente. Cuando coordinamos con abogados locales de confianza en la jurisdicción correspondiente, la consistencia del expediente global – el hecho de que la posición de la empresa sea coherente en todas las jurisdicciones involucradas – es determinante para el resultado.

Checklist de preparación ante una comprobación de la AEAT

Las siguientes verificaciones recogen los elementos mínimos que una empresa debe revisar periódicamente para mantener un nivel razonable de preparación ante una eventual comprobación tributaria. No constituyen un análisis exhaustivo, pero ofrecen un marco de referencia útil para el director financiero o el responsable fiscal de la empresa.

  • Las declaraciones presentadas en los ejercicios no prescritos son coherentes entre sí y con la contabilidad oficial.
  • Los libros contables y la documentación de soporte de los gastos deducidos están organizados y son accesibles.
  • Las operaciones vinculadas relevantes están documentadas conforme a la normativa de precios de transferencia.
  • Las deducciones aplicadas en el IS cuentan con la documentación que acredita el cumplimiento de sus requisitos.
  • Los contratos con partes vinculadas reflejan condiciones de mercado y están firmados y fechados con anterioridad a las operaciones que cubren.
  • Los directivos desplazados que se han acogido o pueden acogerse al régimen de impatriados han cumplido los requisitos formales en plazo.
  • Las obligaciones de información internacional – declaraciones de cuentas en el exterior, operaciones con partes vinculadas y personas o entidades en paraísos fiscales – han sido presentadas correctamente.
  • Existe un protocolo interno que establece quién gestiona las comunicaciones con la AEAT y qué documentos pueden aportarse al expediente.

La revisión periódica de estos puntos – recomendamos hacerla al menos una vez al año, vinculada al cierre fiscal del ejercicio – permite detectar y corregir incidencias antes de que se conviertan en objeto de regularización.

Para una visión integral de las obligaciones fiscales de la empresa, le recomendamos consultar el área de práctica de Fiscal y tributario en nuestro sitio, donde encontrará información sobre los servicios que prestamos en materia de planificación, cumplimiento y defensa fiscal.

Servicios relacionados

La gestión de comprobaciones de la AEAT raramente es una cuestión puramente tributaria. En muchas ocasiones, el expediente conecta con aspectos del Derecho societario – valoraciones, distribuciones, operaciones de reestructuración – que requieren una perspectiva integrada. Nuestro equipo de asesoría fiscal empresas trabaja en coordinación con las áreas de Derecho societario y de Laboral y movilidad internacional, de modo que las implicaciones tributarias de una operación se analizan de forma conjunta con sus efectos mercantiles y laborales. En los casos con componente transfronterizo, coordinamos con abogados locales de confianza en la jurisdicción correspondiente para garantizar la consistencia del análisis global.

Preguntas frecuentes

¿Qué implica comprobaciones de la AEAT para una empresa?
Una comprobación de la AEAT implica que la administración tributaria inicia un procedimiento para verificar que la empresa ha cumplido correctamente sus obligaciones fiscales. El alcance puede ser parcial – circunscrito a un concepto tributario o ejercicio concreto – o general. Durante el procedimiento, la empresa debe atender los requerimientos en los plazos señalados, aportar documentación y mantener una comunicación ordenada con los actuarios. El resultado puede ser un acta sin regularización, una liquidación provisional o definitiva con intereses de demora, o, en casos de mayor gravedad, el inicio de un expediente sancionador. La preparación previa – documentación actualizada, declaraciones coherentes, operaciones vinculadas bien respaldadas – es el factor que más influye en el desenlace.
¿Qué plazos y costes conlleva comprobaciones de la AEAT?
Los plazos del procedimiento los fija la legislación tributaria vigente y varían según la modalidad de comprobación. El procedimiento inspector tiene un plazo máximo legal de duración cuya superación tiene consecuencias sobre la prescripción y los recargos; conviene verificar el plazo exacto con la normativa actualizada. Los costes son de triple naturaleza: la deuda regularizada con intereses de demora, las sanciones en caso de infracción y el coste operativo interno del expediente. La prescripción tributaria general es de cuatro años, plazo que se interrumpe con actuaciones notificadas. Una planificación fiscal previa reduce el primer y el segundo componente de coste de forma significativa.
¿Qué riesgos hay que evitar en comprobaciones de la AEAT?
Los riesgos más frecuentes son la falta de documentación de operaciones vinculadas, la deducción de gastos sin soporte suficiente, las respuestas precipitadas o inconsistentes a los requerimientos y la gestión incorrecta del régimen de impatriados en empresas con plantilla internacional. Un error específicamente costoso es contestar requerimientos sin analizar sus implicaciones documentales: cada escrito incorporado al expediente queda como precedente. El riesgo global se reduce de forma sustancial cuando la empresa dispone de una política fiscal documentada, un expediente de precios de transferencia actualizado y un protocolo claro de gestión de comunicaciones con la AEAT.
¿Cuándo conviene contar con asesoramiento en comprobaciones de la AEAT?
Lo ideal es contar con asesoramiento fiscal de empresa de forma continua, antes de que llegue cualquier notificación. Las situaciones que justifican una revisión preventiva inmediata incluyen operaciones de reestructuración recientes, aplicación de deducciones significativas en el IS, existencia de operaciones vinculadas sin documentación de precios de transferencia y presencia de directivos internacionales cuya situación fiscal no ha sido planificada. Si la notificación ya ha llegado, el asesoramiento debe activarse de inmediato: los primeros días del expediente son los más relevantes para la estrategia de respuesta. Si desea analizar su situación, puede contactar con nuestro equipo en info@velardevidal.com.

Hablemos de su caso

Para una primera valoración, escríbanos a info@velardevidal.com.

Plantear mi caso

Este contenido es informativo y no constituye asesoramiento jurídico. Para un análisis de su situación, contacte con info@velardevidal.com.